1.ใช้เป็นปุ๋ยโดยตรง
                น้ำสกัดชีวภาพหรือน้ำหมักชีวภาพ  หรือปุ๋ยอินทรีย์ จะประกอบด้วยสารต่าง ๆ และจุลินทรีย์อยู่เป็นจำนวนมาก ดังนั้น  ก่อนนำเอาไปใช้ประโยชน์์จึงต้องทำให้เจือจาง มากๆ อัตราส่วนน้ำสกัดต่อน้ำสะอาดคือ 1: 500 หรือ 1 : 1,000 การใช้เป็นน้ำสกัดจะต้องมีความระมัดระวังมากถ้าเข้มข้นมากไปพืชจะชะงักการเจริญเติบโตใบจะมีสีเหลือง ถ้าใช้ในอัตราที่พอเหมาะพืชนะแสดงสภาพเขียวสด ใบเป็นมัน ต้นพืชที่ชะงักการเจริญเติบโตที่พักอยู่จะขยายตัวแตกตาเป็นใบภายในเวลาหนึ่งสัปดาห์ ดังนั้นการใช้จึงควรใช้ อัตราเจือจางมากเป็นเกณฑ์ ซึ่งสามารถใส่ให้แก่ต้นไม้ประมาณ 3 - 7 วันต่อครั้ง และเมื่อพืชเจริญงอกงามดีในเวลาต่อมาจะใช้เดือนละครั้งก็ได้

                1.1ใช้เป็นหัวเชื้อปุ๋ยอินทรีย์
                การทำปุ๋ยหมักแห้ง เพื่อนำมาใช้ปรับปรุงบำรุงดิน และเสริมสร้างความเจริญเติบโต ให้กับพืชผัก ไม้ผล หลังจากปลูกพืชแล้วสามารถผลิตได้ง่ายใช้เวลาน้อย ด้วยการนำเอกเศษหรือวัสดุเหลือใช้หมักผสมกับมูลสัตว์ แกลบดำ และรำละเอียด ซึ่งมีวิธีการทำดังนี้

วิธีการทำ
                ผสมคลุกเคล้าให้เข้าด้วยกัน รดน้ำที่ผสมด้วยน้ำสกัดชีวภาพและกากน้ำตาลตามอัตราส่วนที่กำหนดให้ทั่วกอง ข้อสังเกตปริมาณที่เหมาะสมที่ใส่ในกองปุ๋ย โดยใช้ มือกำวัสดุแน่นๆ เมื่อแบมือออกปุ๋ยนั้นเป็นก้อนได้ หลังจากผสมคลุกเคล้าดีแล้วกองปุ๋ยบนพื้นที่ซีเมนต์ให้กองปุ๋ยสูงประมาณ 20 - 30 เซนติเมตร คลุมด้วยกระสอบป่านทิ้งไว้ 3 วัน สามารถนำปุ๋ยไปใช้ได้ลักษณะของปุ๋ยที่ดีต้องมีราสีขาวมีกลิ่นของราหรือเห็ด กองปุ๋ยไม่ร้อนมีน้ำหนักเบา

วิธีการใช้
                ใช้ปุ๋ยหมักผสมในดินในช่วงเตรียมแปลงปลูกพืชผัก อัตราปุ๋ย 1 กิโลกรัม / ตารางเมตร และ ใช้รองก้นหลุมก่อนปลูกพืชผัก ที่มีอายุเกิน 2 เดือน เช่น กะหล่ำปลี แตงกวา ฟักทอง ฯลฯ ประมาณ 1 กำมือ / หลุม หว่านบริเวณโคนต้นไม้ผล อัตรา 3 - 5 กิโลกรัม / ต้น ขึ้นอยู่กับอายุและขนาดทรงพุ่มไม้ผล สามารถใส่กระสอบ เก็บไว้ในที่ร่ม ได้นาน 1 ปี

2. ใช้ป้องกันกำจัดแมลงและโรค
                โดยการผสมน้ำสกัดชีวภาพ ในอัตราเจือจางฉีดพ่นโดยเฉพาะเพลี้ยแป้งใช้ได้ผลดี

3. ใช้ประโยชน์ในการกำจัดน้ำเสียและการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ
                นำน้ำสกัดชีวภาพ    ไปใช้ย่อยสลายอินทรียวัตถุจากแหล่งน้ำต่างๆ  เช่น  บ่อน้ำ  สระน้ำที่มีอินทรีย์วัตถุย่อยสลายบูดเน่า ก็สามารถใส่น้ำชีวภาพลงไปในแหล่งน้ำ ดังกล่าวโดยใช้น้ำสกัดชีวภาพ ในอัตราส่วน 1:100 , 1:250 หรือ 1:500 โดยคิดจากปริมาณน้ำในแหล่งน้ำ เช่น ปริมาณน้ำ 1,000 ส่วน เติมน้ำสกัดชีวภาพ 1 ส่วน ส่วนระยะเวลา การย่อยสลายใช้เวลาประมาณ 1 สัปดาห์ขึ้นไป

4. ใช้กับสัตว์เลี้ยง (ไก่และสุกร)
                โดยใช้น้ำสกัดชีวภาพจำนวน 20 ลิตร  มาผสมกับน้ำสะอาด 20 ลิตร   นำไปใช้เลี้ยงไก่หรือสุกร เพื่อทำลายจุลินทรีย์ที่เป็นเชื้อโรค โดยวิธีดังกล่าวจะมีสรรพคุณ ทำให้สัตว์แข็งแรง มีภูมิคุ้มกันโรค และที่สำคัญพื้นคอกไก่ไม่มีกลิ่นแอมโมเนีย ซึ่งส่งผลให้ไก่ไม่เป็นโรค

                ดังนั้น น้ำสกัดชีวภาพ จึงเป็นทางเลือกหนึ่งในการปรับปรุงบำรุงดินเพื่อลดต้นทุนการใช้ปุ๋ยเคมี โดยการใช้วัสดุเหลือใช้ในท้องถิ่น ให้เกิดประโยชน์สูงสุด เช่น ขยะสดจากตลาด จากครัวเรือน เศษวัสดุจากโรงงานแปรรูปอาหาร โรงงานปลากระป๋อง เศษปลาจากตลาด หอยเชอรี่ นำมาหมักจากการหมักมีธาตุอาหารหลัก อาหารรอง จุลธาตุ กรดอะมิโนและอื่นๆ ขึ้นอยู่กับวัตถุดิบที่ใช้ในการหมัก ซึ่งมีสูตรมาตรฐานชัดเจน ขึ้นอยู่กับความสะดวกในการหาแหล่งที่เหมาะสม จะต้องเข้าใจในการจัดการ ในด้าน พื้นฐานหลัก คือ ใส่ธาตุหลัก N - P - K กับการจัดการธาตุอาหารรอง และจุลธาตุรวมทั้งสมดุลของคุณสมบัติดินทั้งกายภาพ และเคมีอย่างเหมาะสม การผลิตใช้เองเกิดประโยชน์ ในด้านลดต้นทุน แต่ต้องไม่ทำให้เกิดผลเสียทั้งปริมาณและคุณภาพผลผลิตในระยะยาว